Teori 2.0

Precis som i början av projektet är det nu 100 % läsa och skriva som gäller. Till skillnad från första veckorna så har jag nu mycket bättre koll på mitt område och vet mer vad jag söker efter när jag läser artiklar, istället för att söka en allmän grundförståelse för ämnet som jag gjorde då. Det är också nu jag behöver ta reda på alla små bitar av information som saknas och försöka se vad mitt arbete saknar. Jag jobbar med hela min rapport och ser efter vad jag vill förbättra, även på de delar som är i stort sett färdiga, men det största fokuset är just nu på resultat och diskussion då det är de sista bitarna att få ihop efter jag producerat mina sista resultat i labbet.

Utöver rapporten är det även en del annat att göra färdigt innan det är dags att åka hem, jag ska bland annat designa och presentera en poster på en mässa här tillsammans med de andra studenterna och förbereda och öva inför min muntliga redovisning hemma i Sverige. Det känns helt galet att det bara är 2 veckor kvar tills jag ska åka hem. Hur kan 3 månader gå så fort? Jag har fortfarande saker jag vill hinna se och göra på Irland och ska försöka hinna med något av det den här och nästa vecka. Det jag inte hinner innan jag åker hem får jag ta nästa gång jag kommer hit! 🙂

Sista veckan i labbet

Jag har nu gjort min sista vecka med praktiskt arbete i labbet. Det känns på sätt och vi både skönt och lite trist. Jag har producerat alla resultat för det här projektet och kommer nu lägga allt fokus på att presentera och diskutera dom. Liksom många andra som gör examensarbeten så känns det som jag väntade mig att hinna göra fler praktiska tester i labbet, men jag tycker ändå att jag har jobbat i lagom tempo. Det tar tid att lära sig nya metoder, i ett nytt labb och med nya material och jag tycker jag har fått en bra rutin här med att göra en testomgång med alla nya metoder innan jag satt igång med mina riktiga försök. Det har gjort att jag känt mig mer säker på vad jag ska göra när det verkligen gäller. Det känns också som en bra grej att fokusera på kvalitet före kvantitet, jag vill förstå och diskutera kring mina resultat så jag verkligen funderat över vad resultaten innebär och vad som skulle kunna vara en intressant fortsättning på studien. Det är ju faktiskt det som jag mest av allt vill förmedla vidare till den som läser mitt arbete: vad betyder resultaten egentligen? Hur kan detta appliceras i praktiken? Vad behöver göras härnäst för att ytterligare förstå och kunna använda den här nya kunskapen?

RNA extraktion och rt-pcr

Den sista veckan i labbet gjorde jag en RNA extraktion och en RT-PCR. RNA extraktionen var lite klurig eftersom, som jag beskrivit i ett tidigare inlägg, RNA lätt går sönder. Det krävs stor noggrannhet av laboranten och även då kan man ha otur. För mig gick RNA extraktionen okej, men inte helt perfekt. Jag gjorde en agarosgel till en elektrofores som gav lite tvetydiga resultat, det finns definitivt ett band som kan tyda på RNA. Det finns även band som kan tyda på DNA-kontamination, men det kan vara gelen som inte är bra. Vid elektrofores utnyttjar man polariteten hos RNA- (och DNA-) molekylen. Proverna laddas i gelens brunnarna som syns som mörka rektanglar högst upp i bilden och sedan kopplas ström till gelen, – i samma ände som brunnarna och + längst ner eftersom olika laddningar attraherar varandra och RNA har en negativ laddning. Gelen fotas sedan under en speciell UV-lampa och resultatet ser ut som på bilden nedan.

Bilden av min agarosgel visar att det finns band som skulle kunna vara RNA, men det ser även ut att finnas något kvar i brunnarna högst upp. Är det DNA? Är det något fel med gelen? I may never find out.

RT-PCR är en tvåstegsprocess där RNA:t först ska omvandlas (reverse transcribe) till cDNA (complementary DNA) som i sin tur används till PCR, detta är ett slags försteg till själva PCR:en. PCR:en härmar den naturliga processen när DNA kopieras och fördubblas genom att tillsätta alla nödvändiga delar och anpassa temperaturen efter vad man vill åstadkomma. Det är egentligen bara 3 steg som sker i en PCR och som upprepas ett antal gånger (ca. 40 i mitt fall): denaturering, annealing och extension. Vid denaturering höjs temperaturen (till runt 95 grader C) för att bryta bindnigarna mellan de två strängarna av DNA-molekylen och bilda två separata strängar. Vid annealing (ca. 55 grader C) binder primer till strängarna, vilken primer som används är enormt varierat beroende på vad det är man söker efter, eftersom primern är specifik och endast ska binda till exakt rätt sekvens av DNA-strängen. Det kan vara en sekvens som påvisar en sjukdom eller som i mitt fall, en sekvens som påvisar RNA som kodar för MR1-molekylen. Primerns jobb är att markera ut vart sekvensen finns så att sedan ett polymeras kan ta vid på rätt plats. Vid extension (72 grader C) bygger polymeras vidare efter primer genom att fästa den matchande nukleotiden (A+T & C+G = sant <3) och bildar en komplementär sträng till DNA-strängen. För varje gång cykeln upprepas bildas dubbelt så många kopior och därför bildas en stor mängd produkter snabbt. Vid RT-PCR sker avläsning under tiden analysen sker och resultatet fås i form av kurvor som representerar antalet DNA-kopior.

Roadtrip

JAA, jag har varit på roadtrip! 😀

Jag och dom andra ERASMUS-studenterna har varit på roadtrip över västkusten med start i Galway och Connemara, sedan söderut till Cliffs of Moher för att avsluta med Killarney och Ring of Kerry. Vi reste med buss från Dublin till Galway och hyrde sedan en bil när det var dags att resa söderut.

Galway & connemara

När jag berättat för irländarna runtom mig att jag planerat att besöka Galway har reaktionerna varit “hemskt väder…men du borde definitivt åka dit!” i princip 100 % av gångerna. Vi hade turen med oss och hade strålande sol iaf under första dagen i Galway, men regnet hann ikapp oss till dag 2. Galway är en av de 5 största städerna på Irland och ligger mittemellan Cliffs of Moher och Connemara. Connemara är känt för sin otroliga natur och connemaraponnyn. Naturen påminner lite om ett fjäll då det är rätt kalt, men med massor av berg och dalar.

En av de populära gågatorna i Galway.
Connemara.
Kylemore Abbey, ett supervackert slott i nordligaste änden av Connemara.
De berömda och mångsidiga connemaraponnyerna.

Cliffs of moher

Vad ska man säga…himmelsk vackert, men fruktansvärt obehagligt samtidigt? Skräckblandad fascination? För er som inte vet är Cliffs of Moher de gigantiska klipporna som utgör gränsen mellan Irland och Atlanten och är ca. 120 meter höga. Det finns en jättefin promenadsträcka längsmed klipporna som har en hög skyddsbarriär för att minska olycksrisken, dock täcker denna barriär endast en kort del av klipporna och eget ansvar och sunt förnuft är därför underförstått när man besöker klipporna. Helt klart värt ett besök, trots pirr i magen!

Återigen kan det vara svårt att bedöma storleken, på vänstra sidan finns en klippspets allra högst upp med svarta “prickar”. Prickarna är människor. Utsikten är helt otrolig!
Cliffs of Moher ❤

Killarney & Ring of kerry

Vi fick ändra våra planer för Ring of Kerry och Killarney eftersom stormen Hannah hade sina egna idéer. Killarney är känt för att vara en pittoresk och mysig turiststad, vilket också är min uppfattning av staden. Killarney är också en bra startpunkt för att bila runt Ring of Kerry, vilket är en rutt som går längsmed kusten i sydvästra delen av Irland. Planen var att först utforska Ring of Kerry för att sedan spendera en dag i Killarney, men då stormen Hannah slog till sa det sig självt att bila längsmed kusten när det blåser i 40 m/s inte var den bästa idén. Därför blev det först ett kortare besök i Killarney innan vi återvände till vårt boende före vinden blev alltför stark och körde sedan Ring of Kerry dagen efter när stormen lagt sig.

Ross Castle i Killarney.
Ladies View – Ring of Kerry
Torc Waterfall – Ring of Kerry.

Halvtid

Det har tekniskt sett gått längre än halva tiden för min vistelse i Dublin, men det är nu dags för min halvtidsbedömning. I halvtidsbedömningen ingår huvudsakligen delarna introduktion och material & metoder från rapporten och ska presenteras på liknande sätt som vid slutexaminationen. Det är ett sätt att både bearbeta sitt skriftliga arbete, men lika mycket ett tillfälle att träna på att presentera sitt projekt och svara opponentens frågor. Jag börjar också försöka samla ihop mig och se vad jag gjort hittills, vad jag har kvar att göra praktiskt i labbet och hur jag bör fördela det teoretiska arbetet som är kvar. Det är mer än 1 månad kvar tills jag åker hem, men de 2-3 sista veckorna är avsatta för att skriva på projektet och sammanställa sin muntliga presentation, vilket gör att det endast är ynka 2 veckor kvar av praktiskt labarbete. Jösses!

mitt projekt hittills

Hittills har jag undersökt 3 olika cancer cellinjer för att se om de uttrycker molekylen MR1. MR1 är ett protein som kan presentera vitamin B-metaboliter för MAIT celler och på så sätt aktivera dessa. Jag har också testat att stimulera cellerna med en lösning innehållande ett antigen som förenklat sett binder till MR1, detta för att se om jag kan få cellerna att ge ett ännu större uttryck av MR1-molekylen. Jag har även testat om cellerna reagerar annorlunda om de stimuleras med antigen-lösningen utan att tillsätta själva antigenet. Den här undersökningen tar 3 dagar att utföra då cellerna behöver odlas ut i sina plattor på dag 1, stimuleringen tillsättas på dag 2 och tillsatts av märkning för att kunna identifiera cellerna och avläsningen med flödescytometern på dag 3. För att med större säkerhet kunna dra slutsatser kring mina resultat har jag upprepat testet 3 gånger per cellinje.

Vad som händer härnäst

Nästa steg är att undersöka om cellerna har RNA som kodar för MR1-molekylen, eftersom uttrycket av en molekyl och RNA som kodar för molekylen inte alltid har ett uppenbart samband. Detta innebär att jag behöver utföra en RNA-extraktion på alla mina cellinjer, vilket är en relativt okomplicerad process teorin, men extremt noggrant i praktiken då RNA degraderas väldigt lätt. RNA är till skillnad från DNA enkelsträngat, vilket bidrar till dess sämre stabilitet. Det finns även ett enzym som heter RNase vars funktion är att klyva just RNA och som oturligt nog är vanligt förekommande både i miljöer och på vår hud. Detta innebär att allt material jag använder måste vara avsett för arbete med RNA så att RNA:t inte förstörs under tiden jag extraherar det.

Phoenix Park & Glendalough

Hej! Dags för en catch up! Jag har varit sjuk senaste 1, 5 veckan och har inte gjort mycket mer spännande under den tiden än att ligga i sängen och dricka te. Helgen innan jag blev sjuk var jag dock ute och turistade så jag tänkte att jag kan visa lite bilder ifrån det istället!

Phoenix park

Under lördagen besökte jag och ett par kompisar Phoenix Park, vilket är en av de större parkerna i Dublin. I parken finns ett gigantiskt monument för Arthur Wellesley, 1st Duke of Wellington, Dublin Zoo och ett stort antal rätt närgångna hjortar, med andra ord, en trevlig park att strosa runt i en lugn lördag. Det finns även ett litet, men charmigt café precis vid entrén till Dublin Zoo.

Svårt att bedöma monumentets storlek? Human for scale – på vänstra sidan på monumentets platå sitter en människa.
Hjortarna är mycket förtjusta i morötter (men tydligen inte i spenat).

Glendalough

Under söndagen besökte vi Glendalough (The Glen of the two lakes), vilket ligger i Co. Wicklow, ungefär 1,5 timme bilresa söder om Dublin. Vid Glendalough finns flera mycket vackra vandringsleder runt de två sjöarna, vattenfall och berg. Glendalough är ett populärt (och fotografivänligt) resemål, både för turister och för lokalborna.

Den större av de två sjöarna vid Glendalough.
Ett vattenfall vid ett av vandringsledens början.

Flödescytometri och Dublin Mountains

I fredags var det exakt en månad sen jag landade i Dublin vilket innebär att en tredjedel av mitt utbyte redan har passerat. Och det går ruskigt fort!

Flödescytometri


Den här veckan har jag undersökt mina celler med hjälp av en flödescytometer. Vid flödescytometri förs provet genom ett smalt, konformat munstycke samtidigt som en vätska förs i i samma riktning i hög hastighet runtom provet. Detta gör så att cellerna i provet tvingas igenom en smal kanal en och en. I kanalen bestrålas cellerna med laser och genom att avläsa hur laserstrålen splittras och passerar cellerna så kan man avgöra vad det är för celler. Resultatet ifrån flödescytometri får man i form av dotplots med forward scatter (FSC) på ena axeln och side scatter (SSC) på andra axeln. FSC talar om hur mycket av laserstrålens ljus som passerar cellen och är ett mått på cellens storlek. SSC talar om hur mycket av laserstrålens ljus som splittrats när den träffade cellen. Laserstrålen splittras när den träffar en cellkärna eller granula och används därför för att mäta just detta.

Dublin Mountains

I lördags besökte jag och några andra utbytesstudenter Dublin Mountains strax söder om Dublin. Bergen är inte några jättehöga berg och kallas därför ofta Dublin Hills. Den högsta toppen var “The Fairy Castle” (ett stenröse och inte ett slott som namnet antyder) på 537 meter. Från toppen ser man hela Dublin och även över till Howth som vi besökte förra veckan.

Vyn över Dublin ifrån bergen.

Howth & Saint Patricks Day

Den här veckan har jag spenderat min tid mest på cellodlingslabbet och i biblioteket. Cellerna växer och delar sig konstant vid de rätta förhållandena som tillgång till näring, rätt atmosfär och temperatur. Detta innebär också att näringen i mediet som jag ger cellerna så småningom tar slut och att det bildas skadliga restprodukter. Därför kräver cellerna sin beskärda tid, vissa cellinjer delar sig väldigt snabbt och behöver tas hand om varje-varannan dag, medan andra inte är lika snabba och klarar sig fler dagar utan att sås om. Just nu odlar jag en cellinje (HeLa-celler) som behöver sås om ungefär 2 gånger i veckan och en annan cellinje (A549) som behöver pysslas med varannan dag.

Att så om sina celler innebär att en andel av cellerna i en odlingsflaska förs över till en ny flaska med nytt medium och på så sätt kan cellerna fortsätta må bra med mer yta och ny näring. Som det kanske låter så blir cellerna lite som ens bebisar, man måste se till så dom får mat och att dom mår bra hela tiden 🙂

Howth

Jag och ett par andra utbytesstudenter från Sverige besökte Howth (rimmar på “both”) som ligger en 30 minuters tågresa norr om Dublin. Howth är känd för sina vackra klippor och för att i största allmänhet vara en kust-ort med allt vad det innebär. Blåsigt på sina fläckar, men med helt otroliga utsikter. Regnjacka är bra att ta med om man ska hit och den som har höjdskräck kanske gör bäst i att inte gå på stigarna allra närmast kanten. Vill också tipsa om att köpa churros på marknaden och att gå förbi Howth Castle som bara ligger några minuter promenad ifrån tågstationen. Perfekta resmålet för den som vill utforska Irland utan att resa för långt ifrån storstaden 🙂

På bilden syns “The Baily Lighthouse” vilkt är en fyr i södra änden av halvön.

Saint patricks Day

Jag vet inte om det har undgått någon att det i söndags (17 mars) var Saint Patricks Day (eller som lokalborna kallar det: “Paddys Day”). St. Patricks Day är Irlands nationaldag och är väldigt stort både i och utanför Irland. Det är verkligen en högtid för alla, stora som små. I Dublin hålls en parad som tar sig hela vägen från Spiran (the Spire) i norra delen av staden till Saint Patricks Cathedral i södra Dublin och består av dans, musik och diverse olika konstnärliga inslag. I år uppskattades det att det var ungefär 200000 parad-besökare, de allra flesta iförda någonting grönt enligt traditionen. Mitt första irländska nationaldag blev precis lika härlig som jag föreställt mig och allas humör var på topp, förhoppningsvis blir det fler resor hit över 17:e mars!

I väntan på paraden i Dublin..
Redo för att fira St. Patricks Day.

Teori

Den här veckan har liksom förra bestått till stor del av teoretiskt arbete för att förbereda mig på att skriva om projektet i min rapport. En typisk dag med teori spenderar jag mest tid på att läsa artiklar, gärna nya artiklar som är inne på lite liknande frågeställningar som jag har. Jag markerar viktiga delar i texten, skriver sammanfattningar och noterar vilka källor som är lämpliga till vilka delar av min rapport.

Cellodling

Jag har även börjat med lite praktiskt arbete i labbet för att bekanta mig med metoder som jag kommer använda mig av senare. Till exempel har jag påbörjat en cellodling av så kallade HeLa-celler, en mycket etablerad och tålig cellinje som används världen över. Cellodling är på olika sätt både väldigt noggrann och inte särskilt noggrann, till exempel är det jätteviktigt att arbeta aseptiskt för att inte kontaminera sina celler, sitt medium eller arbetsytan, däremot är det sällan någon mikroliter-precision när det ska tillsättas medium eller annat i särskilda volymer. Just med HeLa-cellerna så är det svårt att misslyckas eftersom dom är så tåliga, visserligen användbart, men å andra sidan måste man vara noggrann med avfallshantering så inga levande HeLa-celler hamnar där dom inte ska vara.

Den här bilden är tagen vid Wexford Street som ligger precis vid universitetet, det finns gott om restauranger och caféer och mataffärer av alla slag.

Hej Dublin!

Jag heter Clara och läser nu min sista termin på biomedicinska analytikerprogrammet på Karolinska Institutet. Jag har skapat denna blogg för att dela med mig av mina erfarenheter under mitt examensarbete som jag utför på Technological University Dublin, TUD (tidigare Dublin Institute of Technology). Utbytet varar i 3 månader, från slutet av februari till slutet av maj och ni kommer få hänga med under hela resan. Välkommen!

Examensarbete?

Så kanske du undrar vad jag ska göra i Dublin? Jo, jag kommer studera en väldigt specifik typ av cell som heter mucosal-associated invariant T cell (MAIT-cell). Som det hörs på namnet så är cellen en T-cell, vilka har en stor och viktig roll i kroppens immunförsvar. Just MAIT-celler vet man kan skydda mot bakteriella infektioner, men på senare år har man även börjat forska på om och hur MAIT-celler kan döda cancerceller i gastrointestinala regioner. Denna forskning har gett resultat som tyder på att MAIT-cellerna har en viktig roll även i kroppens bekämpning av vissa cancertyper och det är inom det här området jag kommer utföra mitt examensarbete.

Jag har snart varit här i en vecka och har hittills mestadels haft teoretiska förberedelser för att förstå de olika aspekterna av mitt projektarbete. Det är mycket att läsa, men det är dom teoretiska förberedelserna som kommer hjälpa mig att själv skriva om det komplexa samspelet mellan cellerna.

Och Dublin?

Hur kom det sig att jag hamnade i Dublin? Dublin är en superhärlig stad med vacker arkitektur, massor av aktiviteter och invånarna är några av dom trevligaste som finns, så därför var Dublin ett självklart val för mig. Det är också relativt billigt att ta sig hit, alla pratar engelska och det är enkelt att navigera sig runt i staden. Det som kan vara klurigt är att hitta ett boende som inte kostar alltför mycket, men det är inte omöjligt. Själv hyr jag ett rum hos en familj i södra delen av Dublin och tycker det fungerar jättebra, jag får en bättre anknytning till staden och om jag har funderingar gällande kollektivtrafik, muséer eller vad som helst så har jag alltid någon att fråga.

Så! Kul att du hittade till min blogg och hoppas du tycker det ska bli intressant att följa mig i mitt examensarbete. Vi ses!