Det har tekniskt sett gått längre än halva tiden för min vistelse i Dublin, men det är nu dags för min halvtidsbedömning. I halvtidsbedömningen ingår huvudsakligen delarna introduktion och material & metoder från rapporten och ska presenteras på liknande sätt som vid slutexaminationen. Det är ett sätt att både bearbeta sitt skriftliga arbete, men lika mycket ett tillfälle att träna på att presentera sitt projekt och svara opponentens frågor. Jag börjar också försöka samla ihop mig och se vad jag gjort hittills, vad jag har kvar att göra praktiskt i labbet och hur jag bör fördela det teoretiska arbetet som är kvar. Det är mer än 1 månad kvar tills jag åker hem, men de 2-3 sista veckorna är avsatta för att skriva på projektet och sammanställa sin muntliga presentation, vilket gör att det endast är ynka 2 veckor kvar av praktiskt labarbete. Jösses!
mitt projekt hittills
Hittills har jag undersökt 3 olika cancer cellinjer för att se om de uttrycker molekylen MR1. MR1 är ett protein som kan presentera vitamin B-metaboliter för MAIT celler och på så sätt aktivera dessa. Jag har också testat att stimulera cellerna med en lösning innehållande ett antigen som förenklat sett binder till MR1, detta för att se om jag kan få cellerna att ge ett ännu större uttryck av MR1-molekylen. Jag har även testat om cellerna reagerar annorlunda om de stimuleras med antigen-lösningen utan att tillsätta själva antigenet. Den här undersökningen tar 3 dagar att utföra då cellerna behöver odlas ut i sina plattor på dag 1, stimuleringen tillsättas på dag 2 och tillsatts av märkning för att kunna identifiera cellerna och avläsningen med flödescytometern på dag 3. För att med större säkerhet kunna dra slutsatser kring mina resultat har jag upprepat testet 3 gånger per cellinje.
Vad som händer härnäst
Nästa steg är att undersöka om cellerna har RNA som kodar för MR1-molekylen, eftersom uttrycket av en molekyl och RNA som kodar för molekylen inte alltid har ett uppenbart samband. Detta innebär att jag behöver utföra en RNA-extraktion på alla mina cellinjer, vilket är en relativt okomplicerad process teorin, men extremt noggrant i praktiken då RNA degraderas väldigt lätt. RNA är till skillnad från DNA enkelsträngat, vilket bidrar till dess sämre stabilitet. Det finns även ett enzym som heter RNase vars funktion är att klyva just RNA och som oturligt nog är vanligt förekommande både i miljöer och på vår hud. Detta innebär att allt material jag använder måste vara avsett för arbete med RNA så att RNA:t inte förstörs under tiden jag extraherar det.
Clara i Dublin 