Month: May 2019

Precis som i början av projektet är det nu 100 % läsa och skriva som gäller. Till skillnad från första veckorna så har jag nu mycket bättre koll på mitt område och vet mer vad jag söker efter när jag läser artiklar, istället för att söka en allmän grundförståelse för ämnet som jag gjorde då. Det är också nu jag behöver ta reda på alla små bitar av information som saknas och försöka se vad mitt arbete saknar. Jag jobbar med hela min rapport och ser efter vad jag vill förbättra, även på de delar som är i stort sett färdiga, men det största fokuset är just nu på resultat och diskussion då det är de sista bitarna att få ihop efter jag producerat mina sista resultat i labbet.

Utöver rapporten är det även en del annat att göra färdigt innan det är dags att åka hem, jag ska bland annat designa och presentera en poster på en mässa här tillsammans med de andra studenterna och förbereda och öva inför min muntliga redovisning hemma i Sverige. Det känns helt galet att det bara är 2 veckor kvar tills jag ska åka hem. Hur kan 3 månader gå så fort? Jag har fortfarande saker jag vill hinna se och göra på Irland och ska försöka hinna med något av det den här och nästa vecka. Det jag inte hinner innan jag åker hem får jag ta nästa gång jag kommer hit! 🙂

Jag har nu gjort min sista vecka med praktiskt arbete i labbet. Det känns på sätt och vi både skönt och lite trist. Jag har producerat alla resultat för det här projektet och kommer nu lägga allt fokus på att presentera och diskutera dom. Liksom många andra som gör examensarbeten så känns det som jag väntade mig att hinna göra fler praktiska tester i labbet, men jag tycker ändå att jag har jobbat i lagom tempo. Det tar tid att lära sig nya metoder, i ett nytt labb och med nya material och jag tycker jag har fått en bra rutin här med att göra en testomgång med alla nya metoder innan jag satt igång med mina riktiga försök. Det har gjort att jag känt mig mer säker på vad jag ska göra när det verkligen gäller. Det känns också som en bra grej att fokusera på kvalitet före kvantitet, jag vill förstå och diskutera kring mina resultat så jag verkligen funderat över vad resultaten innebär och vad som skulle kunna vara en intressant fortsättning på studien. Det är ju faktiskt det som jag mest av allt vill förmedla vidare till den som läser mitt arbete: vad betyder resultaten egentligen? Hur kan detta appliceras i praktiken? Vad behöver göras härnäst för att ytterligare förstå och kunna använda den här nya kunskapen?

RNA extraktion och rt-pcr

Den sista veckan i labbet gjorde jag en RNA extraktion och en RT-PCR. RNA extraktionen var lite klurig eftersom, som jag beskrivit i ett tidigare inlägg, RNA lätt går sönder. Det krävs stor noggrannhet av laboranten och även då kan man ha otur. För mig gick RNA extraktionen okej, men inte helt perfekt. Jag gjorde en agarosgel till en elektrofores som gav lite tvetydiga resultat, det finns definitivt ett band som kan tyda på RNA. Det finns även band som kan tyda på DNA-kontamination, men det kan vara gelen som inte är bra. Vid elektrofores utnyttjar man polariteten hos RNA- (och DNA-) molekylen. Proverna laddas i gelens brunnarna som syns som mörka rektanglar högst upp i bilden och sedan kopplas ström till gelen, – i samma ände som brunnarna och + längst ner eftersom olika laddningar attraherar varandra och RNA har en negativ laddning. Gelen fotas sedan under en speciell UV-lampa och resultatet ser ut som på bilden nedan.

RT-PCR är en tvåstegsprocess där RNA:t först ska omvandlas (reverse transcribe) till cDNA (complementary DNA) som i sin tur används till PCR, detta är ett slags försteg till själva PCR:en. PCR:en härmar den naturliga processen när DNA kopieras och fördubblas genom att tillsätta alla nödvändiga delar och anpassa temperaturen efter vad man vill åstadkomma. Det är egentligen bara 3 steg som sker i en PCR och som upprepas ett antal gånger (ca. 40 i mitt fall): denaturering, annealing och extension. Vid denaturering höjs temperaturen (till runt 95 grader C) för att bryta bindnigarna mellan de två strängarna av DNA-molekylen och bilda två separata strängar. Vid annealing (ca. 55 grader C) binder primer till strängarna, vilken primer som används är enormt varierat beroende på vad det är man söker efter, eftersom primern är specifik och endast ska binda till exakt rätt sekvens av DNA-strängen. Det kan vara en sekvens som påvisar en sjukdom eller som i mitt fall, en sekvens som påvisar RNA som kodar för MR1-molekylen. Primerns jobb är att markera ut vart sekvensen finns så att sedan ett polymeras kan ta vid på rätt plats. Vid extension (72 grader C) bygger polymeras vidare efter primer genom att fästa den matchande nukleotiden (A+T & C+G = sant <3) och bildar en komplementär sträng till DNA-strängen. För varje gång cykeln upprepas bildas dubbelt så många kopior och därför bildas en stor mängd produkter snabbt. Vid RT-PCR sker avläsning under tiden analysen sker och resultatet fås i form av kurvor som representerar antalet DNA-kopior.

JAA, jag har varit på roadtrip! 😀

Jag och dom andra ERASMUS-studenterna har varit på roadtrip över västkusten med start i Galway och Connemara, sedan söderut till Cliffs of Moher för att avsluta med Killarney och Ring of Kerry. Vi reste med buss från Dublin till Galway och hyrde sedan en bil när det var dags att resa söderut.

Galway & connemara

När jag berättat för irländarna runtom mig att jag planerat att besöka Galway har reaktionerna varit “hemskt väder…men du borde definitivt åka dit!” i princip 100 % av gångerna. Vi hade turen med oss och hade strålande sol iaf under första dagen i Galway, men regnet hann ikapp oss till dag 2. Galway är en av de 5 största städerna på Irland och ligger mittemellan Cliffs of Moher och Connemara. Connemara är känt för sin otroliga natur och connemaraponnyn. Naturen påminner lite om ett fjäll då det är rätt kalt, men med massor av berg och dalar.

Cliffs of moher

Vad ska man säga…himmelsk vackert, men fruktansvärt obehagligt samtidigt? Skräckblandad fascination? För er som inte vet är Cliffs of Moher de gigantiska klipporna som utgör gränsen mellan Irland och Atlanten och är ca. 120 meter höga. Det finns en jättefin promenadsträcka längsmed klipporna som har en hög skyddsbarriär för att minska olycksrisken, dock täcker denna barriär endast en kort del av klipporna och eget ansvar och sunt förnuft är därför underförstått när man besöker klipporna. Helt klart värt ett besök, trots pirr i magen!

Killarney & Ring of kerry

Vi fick ändra våra planer för Ring of Kerry och Killarney eftersom stormen Hannah hade sina egna idéer. Killarney är känt för att vara en pittoresk och mysig turiststad, vilket också är min uppfattning av staden. Killarney är också en bra startpunkt för att bila runt Ring of Kerry, vilket är en rutt som går längsmed kusten i sydvästra delen av Irland. Planen var att först utforska Ring of Kerry för att sedan spendera en dag i Killarney, men då stormen Hannah slog till sa det sig självt att bila längsmed kusten när det blåser i 40 m/s inte var den bästa idén. Därför blev det först ett kortare besök i Killarney innan vi återvände till vårt boende före vinden blev alltför stark och körde sedan Ring of Kerry dagen efter när stormen lagt sig.